De l'idée à l'action
Fondée par une équipe d'étudiant⋅e⋅s et de chercheur⋅euse⋅s de Mila, Dreamfold est une startup pionnière dans la conception de protéines, à l'intersection de la recherche et de l'innovation dans le domaine de la santé. Les débuts de l'entreprise remontent aux jours turbulents de la pandémie de COVID-19, lorsque Maksym Korablyov, cofondateur et PDG de Dreamfold, a imaginé un projet à Mila pour explorer des solutions de conception de médicaments pour la pandémie. De là, le projet a suscité une nouvelle vision : exploiter la puissance de la modélisation générative pour révolutionner la conception des protéines. Cette idée a donné naissance à Dreamfold, une startup née de l'environnement collaboratif de Mila et réunissant les talents d'informaticien⋅ne⋅s, de chimistes et de biologistes, afin de repousser les frontières de la modélisation des protéines.
Une expertise de classe mondiale
Dreamfold vise à transformer la conception des protéines grâce à une modélisation générative de pointe, et à créer des modèles qui excellent non seulement sur le plan informatique, mais aussi en laboratoire, en fournissant des résultats pratiques et biologiquement utiles. En combinant les diverses expertises de son équipe, Dreamfold réussit à relever des défis biologiques complexes et à améliorer la conception de protéines. L'une des principales réalisations de l'équipe a été le développement de FoldFlow-2, un modèle génératif avancé permettant d’améliorer la précision et la fonctionnalité des protéines synthétisées.
« Puisque les protéines sont si riches dans leur structure et leurs séquences, nous avions besoin d'un modèle génératif qui tirait parti à la fois de la structure 3D et de l'énorme base de données de séquences de protéines dont nous disposons », explique Joey Bose, chercheur en apprentissage automatique chez Dreamfold. « C'est ainsi qu'est né FoldFlow-2 : tirer parti à la fois des séquences de protéines et des structures 3D pour créer un modèle génératif multimodal ».
À l'été 2024, FoldFlow-2 est actuellement le premier modèle génératif de protéines, surpassant les modèles précédents tels que RoseTTAFold Diffusion de l'Université de Washington.
Une réussite en laboratoire
En quelques années seulement, Dreamfold a franchi des étapes importantes. L'équipe a publié plusieurs articles et donné des présentations à des conférences majeures telles que l'ICLR et l'ICML. Reconnu comme le meilleur modèle de génération de protéines disponible aujourd'hui, FoldFlow-2 se distingue par sa capacité à générer des protéines diverses et nouvelles de manière inconditionnelle — autrement dit, à partir de bruit aléatoire — avec un fort potentiel de réussite en laboratoire. Les premiers résultats de la synthèse protéique de ces modèles sont prometteurs et représentent des bases solides pour une validation biologique plus poussée et une application dans la recherche sur la santé et les produits pharmaceutiques. Dreamfold aspire à atteindre de nouveaux sommets dans ce domaine, en s'inspirant d'AlphaFold de DeepMind et de ses réalisations dans le domaine de la prédiction de la structure des protéines.
L'avantage Mila
Lorsqu'on leur demande ce qui donne à Dreamfold son avantage, les membres de l'équipe sont unanimes. « Ce sont les personnes », déclare Joey Bose. « Le calibre de nos collaborateurs est vraiment excellent. Nous avons des experts en protéines, des experts en modélisation générative. Et le simple fait que nous soyons à Mila facilite l'accès à beaucoup de personnes géniales ».
L'équipe de Dreamfold ne cesse de souligner à quel point le soutien de Mila a été déterminant dans le parcours de Dreamfold. Parmi les nombreux avantages de Mila, les entrepreneurs citent leur incroyable proximité avec une expertise de recherche diversifiée et la liberté de poursuivre des projets ambitieux sans contraintes bureaucratiques, en plus d'un soutien consultatif inégalé de la part de personnalités estimées telles que Yoshua Bengio.
Le laboratoire d'entrepreneuriat de l'institut a également apporté un soutien essentiel au développement de la startup, qu'il s'agisse de voyages internationaux de réseautage, de mise en relation avec des collaborateurs potentiels, ou d'ateliers et événements d’entrepreneuriat. Et bien sûr, toute l'équipe de Dreamfold est composée d'anciens et d'actuels membres de Mila, issus de la riche communauté de recherche collaborative de Mila.
Jarrid Rector-Brooks, cofondateur et directeur scientifique, plaisante : « Notre équipe entière est composée de membres de Mila - tous les scientifiques, tout le monde est un membre de Mila ! » Et lorsque les murmures d’accord du groupe s’estompent, Jarrid est plus calme, reconnaissant : « Il y a tellement de personnes compétentes dans le domaine de l'apprentissage automatique et dans bien d'autres domaines à Mila. Le soutien de Mila a vraiment été formidable ».
