Towards The Latent Transcriptome

Dans ce travail, nous proposons une méthode pour calculer les intégrations continues pour kmers à partir des données brutes d’ARN-seq du transcriptome, sans qu’il soit nécessaire de s’aligner sur un génome de référence. L’approche utilise un RNN pour transformer les kmers de la lecture d’ARN-seq en une représentation en 2 dimensions qui est utilisée pour prédire l’abondance de chaque kmer. Dans ce transcriptome latent, nous observons le groupe de kmers correspondant aux gènes auxquels ils sont censés appartenir. Plus d’informations: Paper Slides

Assya Trofimov, Francis Dutil, Claude Perreault, Sebastien Lemieux, Yoshua Bengio, Joseph Paul Cohen. Towards the Latent Transcriptome. 2018, http://arxiv.org/abs/1810.03442.